Allerdings brachte die Salzach den an ihrem Lauf liegenden Orten sowie der Stadt Salzburg auch immer wieder Hochwasser und Überschwemmungen. So wurde die Salzburger Altstadt zum Beispiel in den Jahren 1571 (2.226 Tote), 1572, 1786 und 1899 überflutet. 2002 erreichte der Pegelstand in Salzburg 8,30 Meter, ca. 10 cm mehr hätten erneut zu einer Überflutung der Altstadt geführt. Dabei rissen die Wassermassen beinahe die „Amadeus“ mit sich, ein Panzer des Bundesheeres half schließlich bei der Sicherung des Schiffes und verhinderte schlimmeres.
Es erfolgte daher bereits vor vielen Jahren eine Regulierung der Salzach, und auch in letzter wurde der Hochwasserschutz stetig ausgebaut. Bei einem Hochwasser im Jahr 2013 bewährte sich der errichtete Hochwasserschutz der Stadt Salzburg.
Im Jahr 2002 versank das Salzach-Schiff „Amadeus Salzburg“ in den Fluten der Salzach; ein Abtreiben des Schiffes konnte gerade noch verhindert werden; zur Sicherung wurde u.a. eine Bergepanzer des Bundesheeres eingesetzt.
–> Bilder des Hochwassers im Juni 2013